feat(autopilot): daemon の停止/ライフサイクル安全化（PID 管理・自己 kill 回避）

[smalruby3-editor-bot]

daemon を安全に停止できるようにする。PID ファイル管理 or claude agents 連携で、pkill -f の自己 kill(コマンド行に文字列を含む親まで巻き込む)を避ける。stop/health の HTTP も整理。

Part of #789